Pouco se sabe da vida deste Papa, que governou a Igreja durante apenas um ano, de 684 a 685.

Segundo a tradição ele teria nascido em Roma e teria tido como pai um certo João.

Ainda muito jovem entrou para a Schola cantorum e foi, quando a idade o permitiu, ordenado sacerdote.

Provavelmente bispo de uma ou várias dioceses, foi eleito sucessor de São Pedro em 26 de Junho de 684, depressa obteve que a confirmação fosse dada, não pelo imperador, mas pelo exarca de Ravena, homem fraco e de puder ilusório, que sempre acatava — graças a Deus! — as decisões de Roma.

Durante o pontificado de Bento II, teve lugar o 14º Concílio de Toledo — 14 a 20 de Novembro de 684 — que tratou das “propriedades das duas naturezas em Cristo” (Ver Denzinger n° 564)

O pontificado de Bento II ficou marcado pela sua atenção e seu carinho para com os pobres, o que lhe permitiu de usufruir de uma grande popularidade junto dos habitantes de Roma e até mesmo mais longe.

Bento II também reforçou a posição do Papa presidindo todas as cerimónias civis de Roma.

Morreu em Roma, um ano depois de ter sido eleito, em 8 de Maio de 685.