Basque espagnol, gentilhomme, blessé au siège de Pampelune attaquée par les Français (1521), il se convertit. Il conçoit d'abord une existence de pénitent solitaire. Au cours d'un pèlerinage à Montserrat et d'une longue retraite à Manresa, pendant laquelle il est introduit dans la plus haute vie mystique, il décide de se consacrer à l'apostolat actif.

Suspect d'illuminisme, il est déféré aux tribunaux ecclésiastiques. Il reprend ses études à l'université de Paris (1528), où il obtient le grade de maître ès arts. Depuis Manresa, Ignace consigne le résultat de sa vie spirituelle dans un cahier qui deviendra les "Exercices spirituels". C'est un guide de méditations systématiques, destinées à libérer des passions et à consacrer au service de Dieu. Ignace recrute quelques étudiants décidés à partager son idéal, entre autres François Xavier..., avec sept compagnons, il fait vœu d'évangéliser les infidèles en Palestine et, si ce projet est irréalisable, de se mettre, lui et ses compagnons, à la disposition du pape. Ils sont ordonnés prêtres à Venise (1557)

Jusqu'en 1539, Ignace n'a pas l'intention de fonder un ordre religieux: pas d'obéissance dans l'équipe des compagnons, qui forment une libre association de prêtres réformateurs. Mais les nécessités de l'apostolat amènent Loyola et ses compagnons à demander et à obtenir de Paul III (1540) leur constitution en ordre: c'est la Compagnie de Jésus, dont Ignace est élu supérieur général. Cette société va jouer un rôle primordial dans la Réforme catholique, au service de la papauté, envers qui les jésuites sont liés par un vœu spécial d'obéissance.

Quand il meurt à Rome en 1556, la Compagnie a pris déjà une extension considérable.

Outre les « Exercices spirituels », Ignace de Loyola a rédigé les « Constitutions de la Compagnie de Jésus » (1541), sous l'influence d'expériences mystiques, dont ce qui reste du « Journal spirituel » donne une idée. En outre, on a du fondateur des jésuites plusieurs milliers de lettres et une Autobiographie connue sous le nom de "Journal du Pèlerin". La spiritualité d'Ignace est ordonnée "à la plus grande gloire de Dieu" (c'est sa devise et celle de son ordre), par l'apostolat, et, secondairement, à la sanctification personnelle du sujet, considéré comme un moyen nécessaire d'apostolat.

Canonisé en 1622.