Agapet, pape, né à Rome, fut admis de bonne heure dans le clergé de celle ville. Attaché à l'église de Saint-Jean et Saint-Pierre, son mérite et sa sainteté le firent élever à la dignité d'archidiacre, et ensuite à la papauté, l'an 535, après la mort de Jean II. L'empereur Justinien, ayant appris son exaltation, lui envoya sa profession de foi qui fut trouvée orthodoxe. Ce prince sollicita du nouveau pape, et obtint la condamnation des aremetes, moines de Constantinople qui étaient infectés de l'hérésie nestorienne ; mais une autre de ses demandes lui fui refusée. Après la conquête de l'Afrique, que son général, avait arrachée à la domination des Vandales par la défaite du roi ennemi, il aurait voulu qu'Agapet ma nomme sur leurs sièges les évoques ariens qui se trouvaient dans cette partie de l'empire et qui voulaient abjurer l'hérésie. Mais le pape répondit qu'il fallait observer les saints canons, et que tout ce qu'on pouvait faire en faveur de ces prélats hérétiques, c'était d'admettre à la communion laïque ceux qui rentreraient dans le sein de l'Église, mais sans leur laisser leurs dignités, et même sans leur permettre de revenir dans le clergé. L'acte le plus saillant du court pontificat d'Agapet fut son voyage à Constantinople, qu'il entreprit dans la vue de rétablir la paix entre Justinien et Théodat, roi des Goths d'Italie ; c'est Théodat lui-même qui l'avait prié de faire cette démarche en sa faveur. Le pape, en y condescendant, se proposait aussi de remédier aux maux dont l'Église d'Orient était affligée ; car il venait de recevoir de quelques abbés catholiques de Constantinople des lettres qui lui exposaient le triste état de la  religion dans leur pays. Il partit donc et, arrive en Grèce, il guérit un sourd-muet, en offrant pour lui le saint sacrifie.

Il fit son entrée à Constantinople le 2 février 536, et fut reçu par l'empereur avec de grandes marques de respect cl d'affection. On traita d'abord de la question politique, mais Justinien ne voulut rien réduire des dures conditions qu'il imposait à Théodat. Vinrent ensuite les questions religieuses, dont la principale était la translation d'Anthime, évêque eutychien qui occupait le siège de la ville impériale. Le pape refusa do ratifier cette translation, non seulement parce qu'elle avait été faite en violation des lois canoniques, mais aussi parce qu'Anthime était partisan de l'hérésie d'Eutychès.

L'impératrice Théodora, qui, par ses intrigues, avait opéré ce changement de siège, et qui tenait à le voir réussit, eut beau presser le pape par elle-même et par l'empereur, Agapet ne se laissa pas ébranler à leurs instances réunies«: il déclara même qu'il ne communiquerait pas avec Anthime, à moins qu'il ne souscrivit aux décisions du concile de Chalcédoine. Anthime, qui ne voulait pas donner cette marque de soumission à la foi orthodoxe, quitta Constantinople pour se soustraire à la mesure qu'on exigeait de lui. Le pape, informé de son départ subit, déclara Anthime excommunié aussi longtemps qu'il refuserait cette souscription. Il sacra donc patriarche de Constantinople saint Menas, qui était aussi renommé par sa science que par sa piété. Il écrivit ensuite une lettre circulaire par laquelle il annonçait au monde chrétien que l'évêque hérétique avait été déposé par l'autorité apostolique, de concert avec le très religieux empereur. Le saint pape projetait encore d'autres mesures pour le bien de la religion en Orient, lorsqu'il mourut à Constantinople le 17 avril 536, après avoir siégé onze mois et deux jours. Sou corps, transporté à Rome, fut inhumé le 20 septembre suivant, jour où l'on fait sa fête, que les Grecs célèbrent le 17 avril.